運輸署1月8日突推出車牌查冊新安排，傳媒查冊需書面作出「例外申請」。《香港01》隨即申請兩宗車牌查冊，三個月內多次書信來往，直至4月18日拒批，理由指記者擬進行的調查是完全缺乏合理根據的臆測，未能充分解釋申請達致聲稱涉及的公眾利益。
在署方回覆前一日，高院批出記協查車牌安排的司法覆核申請。截至4月12日，傳媒查冊仍未有一宗獲批，亦未有拒批任何傳媒申請。
1月8日，運輸署推出車牌查冊新安排，傳媒查冊需提出「例外情況申請」，以書面方式述明查冊原因、所涉的重大公眾利益、保障私隱措施等資料。記者獲得傳媒機構授權查冊，更需提交蓋上公司印章的聲明書。
運輸署署長信納事件「涉及公眾利益大於車主私隱」才會批准申請，惟運輸署署長李頌恩公布安排時，稱公眾利益「無客觀定義」，署方至今亦無再作解釋。
▼新車輛查冊安排下提出「例外情況申請」的指引▼
《香港01》在新安排實施首日，向運輸署提交兩宗車牌查冊申請，一宗申請只提及是作新聞用途，另一宗就補充是交通意外，與公眾利益及知情權有關。
記者回覆後，運輸署2月9日再以電郵提出多條問題，並指記者解答後才會繼續處理申請，要求記者進一步提出懷疑查詢的車牌涉不法活動的憑證、懷疑的原因、事件不可交由執法機關調查的理由等，並再要求提供公司內部指引。
4.17高院批查車牌司法覆核 4.18署方拒絕《香港01》兩宗申請
運輸署周四（18日）拒絕《香港01》兩宗在1月8日遞表的查車牌申請，稱審視相關文件後，認為「申請人擬進行的調查是完全基於缺乏合理根據的臆測，並且申請人未能就聲稱涉及的公眾利益提供充分的理據，也未能充分解釋索取相關資料如何達致聲稱涉及的公眾利益。」故此，署長不信納整體而言向申請人披露該車輛登記細節（或部份細節）所涉及的公衆利益大於登記車主享有的私隱權及其他人和社會的合法權益，申請不獲接納。
記協在4月初向高院提請查車牌申請司法覆核，稱新措施不符合《香港人權法案條例》下的新聞自由，屬越權或違憲，並要求法庭下令署方須迅速及在合理時間內決定基於合法新聞用途的查冊申請。
在運輸署拒批兩宗查車牌申請前一日，，並着訴訟雙方在14日內提供可審訊的日期予法官考慮。
截至4.12 傳媒申請零成功
運輸署在周一（15日）曾回覆記者，稱截至4月12日，運輸署共收到16宗例外情況申請，9宗已由申請人撤回，1宗為拒絕個案及6宗正在處理中。
在已撤回的申請中，7宗報稱與新聞用途有關。被拒絕個案申請報稱與私人用途有關，由於當中不涉及指明車輛的擁有權或指明車輛的使用，故不獲接納。撇除上述個案，餘下6宗申請均報稱與新聞用途有關，包括《香港01》兩宗申請。
查車牌交易 問記者懷疑證據
《香港01》的兩個申請，其中一車牌與車牌交易有關，運輸署除要求記者進一步提供查詢的車牌所涉的事件詳情外，更要求解釋懷疑當中涉損害公眾利益、不法行為的原因，「有否任何憑證支持你的想法」，「是否基於某種形式的證據（包括財務 / 交易記錄、通訊記錄等）而作出懷疑，或只屬無憑據的猜疑」。
查交通意外 問記者為何懷疑官方公布
至於另一宗關於交通意外的查冊申請，運輸署要求解釋為何記者懷疑意外成因與現時公布的不一致、交通意外的破壞有否及如何引起公眾關注、事件對社會或公眾的影響，如有否涉及對公共基礎設施或服務的重大損害或中斷、受影響的人數及具體情況。
重複提問記者為何不交執法機構調查
運輸署在1月的電郵中，要求記者說明兩宗查冊申請涉及重大公眾利益的具體詳情，記者就此曾作出回覆，並指出如傳媒無法得到查冊資料繼續進行調查，或會損害社會利益。運輸署2月追問的電郵再次要求解釋「事件有何不公平或損害公眾利益之處需要揭露」。
運輸署至少兩次重複問記者「為何有關調查不可交由執法機關進行」、「有沒有向執法機關舉報事件」、沒有舉報事件的原因、「預期什麼調查結果以達致所聲稱的『重大公眾利益』」等。記者在申請查冊及過往回覆運輸署的電郵中，均無說過「調查不可交由執法機關進行」。
運輸署又要求記者說明，會如何使用查冊得來的資料作出調查，又問「是否可從其他渠道或方式跟進有關事宜」。
重複問新聞機構內部指引
記者回覆運輸署1月的提問時，已再次重申查冊得來的資料只供記者於報道及調查時作參考，不會向其他人士披露，有關資料亦只會存檔於香港01有限公司作新聞用途，不會被外傳或帶離公司，並會保密所有個人資料。
運輸署2月仍再問有何安排確保查冊資料只有負責報道的記者能夠取閱、有否措施限制存取加密儲存庫中的資料、存取有關資料的人士有否紀錄，並再次要求記者說明相關安排是否載於內部指引或規則。
傳媒正在進行的新聞採訪、調查都需保密，在刊登前都不會向外界透露，以免走漏風聲或遭干預。運輸署要求提供的資料仔細詳盡，猶如在調查階段、報道刊出前，就要向署方展示所有證據及新聞資料。
《香港01》於2月中回覆運輸署提出的問題，強調《香港01》創刊至今，曾多次查冊取得資料，作出對社會影響深遠的調查報道，並無外洩過任何人士的個人資料。記者亦要求運輸署提供完整詳細的保障私隱指引，供《香港01》參考，及提供署方保密查冊申請中新聞題材的具體安排、公職人員防止利益衝突的具體機制。
▼新車輛查冊安排下申請人需作出的聲明▼
以往車牌查冊，只需在網上填表，勾選「其他，請註明」；到2019年，運輸署更改表格，將「其他，請註明」改成「其他有關交通及運輸的事宜」。
2020年，香港電台《鏗鏘集》前編導蔡玉玲被捕，並被控在製作元朗7.21襲擊事件專題期間，查車牌取得車主個人資料時作出虛假陳述，一審被判罪成。自蔡玉玲被捕後，《香港01》與其他大部份傳媒都暫停車牌查冊。
蔡玉玲案於2023年6月終審判決後，《香港01》恢復查車牌作調查報道，JPEX涉嫌詐騙案調查報道亦查車牌，揭露涉案公司或個人的名貴跑車，背後的擁有人和公司脈絡。
運輸署2024年1月更改查冊安排前，記者用五分鐘就能完成車牌查冊，而今年新規定生效後，記者用近兩個月亦無法查冊，影響後續調查報道的進度。
▼過往網上查車牌步驟▼
至於「公眾利益」的定義，運輸署2月1日曾回覆指，「『公眾利益』是普通法下一個經常運用的概念。至於什麼事宜是符合「公眾利益」及應賦予的比重，則因應個別情況而定。」不過，署方並無詳細闡述相關概念、定義，及處理申請時的考慮。
運輸署當時回應指，所有申請都會依法公平公正處理，有既定機制防止公職人員在履行公務時牽涉利益衝突，接獲屬於機密性質的資料亦將依法處理。不過，署方並未具體詳述「既定機制」及「依法處理機密資料」的詳情。